ระหว่างดำรงพระชนม์

สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช (เจริญ สุวฑฺฒโน) ประชวรและประทับรักษาพระองค์ ณ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย มาตั้งแต่วันที่ 20 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2545[6] พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชจึงตราพระราชกำหนดแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 พ.ศ. 2547[7] เพื่อเปิดให้มีการแต่งตั้งคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชได้ โดยประกาศลงในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2547

วันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2547 ที่ประชุมมหาเถรสมาคมมีมติเป็นเอกฉันท์ให้แต่งตั้งคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชเพื่อบริหารกิจการคณะสงฆ์แทนสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก (เจริญ สุวฑฺฒโน) ประชวรและประทับรักษาพระองค์ ณ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย ประกอบด้วยสมเด็จพระราชาคณะ 7 รูป จากพระอาราม 7 แห่ง ทั้งมหานิกายและธรรมยุติกนิกาย ครั้งนั้น มอบหมายให้ สมเด็จพระพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสโณ) ในฐานะมีอาวุโสสูงสุดโดยสมณศักดิ์ และสามารถปฏิบัติหน้าที่ได้ เป็นประธาน[8][9]

ยุคคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช ตามพระราชกำหนดแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 พ.ศ. 2547

ประธานคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช

สมาชิกคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช

หลังสิ้นพระชนม์

สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก (เจริญ สุวฑฺฒโน) สิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2556 คณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชจึงสิ้นสุดลงในวันรุ่งขึ้น[10] ระหว่างที่ยังไม่มีการตั้งสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ใหม่ สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ (ช่วง วรปุญฺโญ) วัดปากน้ำภาษีเจริญ ซึ่งเป็นสมเด็จพระราชาคณะที่มีอาวุโสสูงสุดโดยสมณศักดิ์และสามารถปฏิบัติหน้าที่ได้ ได้เป็นผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชตั้งแต่วันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2557[10]